三国志战略版中旗舰仅在赤壁之战剧本可建造，由同盟大都督消耗指定同盟资源、占据港口后启动建造，耗时12小时，全同盟协作维护即可完成。
建造旗舰的核心前提是进入赤壁之战剧本，且同盟成功占领地图上的指定港口，这是解锁建造权限的关键条件。港口占领后，同盟需委任一名大都督，仅该职位玩家可发起旗舰建造操作，其他成员无法直接参与建造流程。同时，同盟需提前储备足量资源，建造需消耗木材、铁矿、石料各100万，资源不足会导致建造无法启动，因此日常需组织成员持续捐献资源，保障储备充足。
满足前提后，大都督进入同盟港口界面，找到旗舰建造入口确认启动，建造过程耗时12小时，期间无需额外操作，但需确保港口不被敌方攻占，港口失守会直接导致建造中断且进度清零。旗舰为唯一专属单位，同一同盟仅能拥有一艘，无法批量建造，建造完成后自动停靠在所属港口，可由大都督操控水上行军。
旗舰具备强大实战与辅助能力，自带10支共60万兵力的守军，守军强度等同于40级武将驻守的8级城池守军，被击败后会逐步自动恢复，24小时可完全回满。其核心价值是提升周围3格范围内友军士气恢复速度至100%，且自身水上行军不消耗士气，适合作为水上战场的移动士气中枢。但旗舰存在明显短板，受攻击时无法移动或撤退，被敌方完全击毁后，同盟所有成员部队会获得士气下降的负面效果，因此需安排主力部队全程护航。
为保障旗舰稳定发挥作用，同盟需制定协作策略。资源层面，建立固定捐献机制，确保旗舰损毁后能快速筹集资源重建；战术层面，将旗舰部署在水上关键要道或前线锚地附近，既覆盖友军士气加成范围，又能依托地形减少被集火风险；防守层面，时刻监控敌方动向，敌方集结时提前布置防御阵型，避免旗舰孤立无援。熟练运用旗舰机制，能大幅提升同盟水上作战的续航与压制能力，成为掌控赤壁战场的关键。
